De milieueisen zijn gebaseerd op die van het EU-biologisch keurmerk. Biologische bedrijven gebruiken maar heel beperkt bestrijdingsmiddelen - en alleen natuurlijke middelen. In eerste instantie weren ze ziekte, plagen en onkruid met teeltmaatregelen (bijvoorbeeld schoffelen en wieden, maar ook door inzet van natuurlijke vijanden van parasieten). De bedrijven gebruiken ook geen kunstmest. 

De dieren krijgen biologisch voer. EKO-boeren moeten 5% van hun bedrijf inrichten ten behoeve van biodiversiteit. Alle aangekochte elektriciteit is groene stroom. Het maximale aantal dieren is beperkt om een te hoge stikstofuitstoot te voorkomen. Minimaal 60% van het veevoer moet van het eigen bedrijf of uit de regio (EU) komen. Daardoor blijft de import van veevoer en de eventuele tropische ontbossing die daarmee gepaard gaat, beperkt. 

Het EU-biologisch-keurmerk en het EKO-keurmerk geven overigens geen garantie dat er geen ontbossing plaatsvindt. Ze stellen geen directe eisen aan beperking van broeikasgasuitstoot, hoewel het verbod op kunstmest deze indirect wel beperkt. EKO (zuivel) heeft weliswaar score 5 op milieu, maar er is nog ruimte voor verbetering. Het keurmerk kan verder ontwikkelen door ook directe eisen aan beperking van de klimaatimpact te stellen.

Ten aanzien van dierenwelzijn heeft EKO een aantal extra eisen ten opzichte van EU-biologisch, zoals meer comfort op het ligbed en in de stal. De koeien hebben minimaal 120 dagen weidegang, van gemiddeld 8 uur per dag. 

Milieu Centraal vindt het belangrijk dat beeldmerken naar consumenten communiceren wat de impact van hun beeldmerk is. EKO heeft een start gemaakt met impactrapportage, waarin ze uitleggen welke effecten op milieu en dierenwelzijn hun normen hebben, waar mogelijk gekwantificeerd. Bij een volgende beoordelingsronde verwachten we nog beter inzicht in de effecten van het beeldmerk. Dan zullen we dit ook meewegen in de score op transparantie. 

EKO-keurmerkhouders worden gecontroleerd door onafhankelijke, geaccrediteerde certificerende instellingen. Dat geldt  voor zowel de eisen van EU-biologisch, als voor de aanvullende voorwaarden van het EKO-keurmerk. Er is een sanctiebeleid, met intrekking van het certificaat als niet aan de eisen van het keurmerk wordt voldaan.