Naast de eisen vanuit EU-Biologisch stelt het EKO-keurmerk extra milieueisen. Volgens de eisen van EU-biologisch moeten teeltpraktijken gericht zijn op verbetering van de bodem door middel van bijvoorbeeld vruchtwisseling. EKO stelt ook groene stroom verplicht voor alle zelf aangekochte elektriciteit.

Mechanische teeltmaatregelen zijn verplicht en natuurlijke vijanden worden ingezet om plagen te bestrijden. Biologische boeren mogen alleen de strikt noodzakelijke hoeveelheid gewasbeschermingsmiddel gebruiken, met keuze uit een beperkt aantal toegestane middelen. EKO-boeren moeten ook 3 tot 5% van het bedrijfsoppervlak inrichten met natuurelementen ten behoeve van biodiversiteit, maar er zijn geen eisen om ontbossing te voorkomen.

EU-Biologisch en EKO stellen geen eisen aan beperking van broeikasgasuitstoot. Wel wordt deze indirect beperkt door een verbod op gebruik van kunstmest. 

Milieu Centraal vindt het belangrijk dat organisaties naar consumenten communiceren wat de impact van hun keurmerk is. EKO heeft een start gemaakt met impactrapportage, waarin ze uitleggen welke effecten op milieu en dierenwelzijn hun normen hebben, waar mogelijk gekwantificeerd. Bij een volgende beoordelingsronde verwachten we nog beter inzicht in de effecten van het beeldmerk. Dan zullen we dit wel meewegen in de score op transparantie. 

De controle op het voldoen aan de eisen van EKO-keurmerk wordt uitgevoerd door onafhankelijke, geaccrediteerde instellingen. Er is ook een sanctiebeleid, met intrekking van het certificaat als niet aan de eisen van het keurmerk wordt voldaan.