Biologische bedrijven gebruiken heel beperkt bestrijdingsmiddelen, en alleen natuurlijke middelen. In eerste instantie weren ze ziekte, plagen en onkruid met teeltmaatregelen, bijvoorbeeld mechanische zoals schoffelen en wieden, maar ook door inzet van natuurlijke vijanden van parasieten. De dieren krijgen biologisch voer. 

 

Een minimumhoeveelheid voer moet van het eigen bedrijf of uit de regio (EU) moet komen (minimaal 60% bij runderen, 30% bij pluimvee en varkens). Daardoor blijft de import van veevoer en eventuele daarmee gepaard gaande tropische ontbossing beperkt. Het EU-biologisch-keurmerk geeft geen garantie dat er geen ontbossing plaatsvindt. 

 

EU-Biologisch stelt geen directe eisen aan energiegebruik of aan beperking van broeikasgasuitstoot, wel worden deze indirect beperkt door een verbod op gebruik van kunstmest. Het aantal dieren per grondoppervlak moet zodanig zijn dat de schade aan de bodem door de dieren en hun mest minimaal is. Het maximale aantal dieren is ook beperkt om een te hoge stikstofuitstoot te voorkomen. 

Ten aanzien van dierenwelzijn ziet de Dierenbescherming EU-biologisch als gelijkwaardig aan Beter Leven 3 sterren. EU-Biologisch krijgt daarom dezelfde score voor dierenwelzijn. Er is aandacht voor het type huisvesting, met voldoende ruimte en middelen voor soorteigen gedrag. Ze hebben altijd toegang tot buitenruimte. Gezondheidsproblemen die vaak optreden bij intensieve veehouderij moeten worden vermeden. Er mogen geen kalmerings- of dwangmiddelen worden ingezet bij bijvoorbeeld transport, maar er is geen maximum transportduur vastgesteld.