Ten aanzien van dierenwelzijn ziet de Dierenbescherming EU-biologisch als gelijkwaardig aan Beter Leven 3 sterren. EU-Biologisch krijgt daarom dezelfde score voor dierenwelzijn. Er is aandacht voor het type huisvesting, met voldoende ruimte zowel binnen (max. 6 leghennen per m2) als buiten (min. 4 m2 per dier), en middelen voor soorteigen gedrag (bijv. strooisel). Gezondheidsproblemen die vaak optreden bij intensieve veehouderij moeten worden vermeden. Gebruik van kalmerings- of dwangmiddelen bij bijvoorbeeld transport is verboden. EKO stelt verder nog een maximum van 400 kilometer aan de transportafstand. 

Milieu Centraal vindt het belangrijk dat beeldmerken naar consumenten communiceren wat de impact van hun beeldmerk is. EKO heeft een start gemaakt met impactrapportage, waarin ze uitleggen welke effecten op milieu en dierenwelzijn hun normen hebben, waar mogelijk gekwantificeerd. Bij een volgende beoordelingsronde verwachten we nog beter inzicht in de effecten van het beeldmerk. Dan zullen we dit wel meewegen in de score op transparantie.

EKO-keurmerkhouders worden gecontroleerd door onafhankelijke, geaccrediteerde certificerende instellingen, voor zowel de eisen van EU-biologisch, als voor de aanvullende voorwaarden van het EKO-keurmerk. Er is een sanctiebeleid.